Expedições dos séculos XVII e XVIII
No século XVII e XVIII o El Dorado aparentemente deixa de ser o foco principal das expedições, mas o lago Manoa, Parime ou lago Dourado como chamavam os portugueses é um ponto geográfico mencionado nos mapas, entre as bacias dos rios Amazonas e Orinoco, e passou a representar o norte da América do Sul. Além disso a existência das índias guerreiras é confirmada por outros exploradores que viajaram pela Amazônia e travaram contato com as tribos da região.

Entre 1637 e 1639 o Padre Christovão d’Acuña, cronista da viagem do Capitão Pedro Teixeira pelo Amazonas, também dará notícias das amazonas. Pedro Teixeira percorreu o rio amazonas em sentido inverso ao de Orellana, contra a correnteza, com a finalidade de reconhecer e explorar a região e colocar marcos de ocupação portugueses, até onde pudesse chegar. O Padre Christovão d’Acuña acompanhou-o em sua viagem de volta, do Peru ao Grão-Pará. Acuña afirma ter ouvido dos próprios Tupinambás a história das amazonas: "A 36 leguas d’esta aldêa, descendo pelo rio, está da parte do norte o das Amazonas, que com o nome de rio Cunuris é conhecido entre aquelles naturaes. Toma este rio o nome dos primeiros indios, que sustenta na sua boca, aos quaes seguem-se os apautos, que fallam a lingua geral do Brasil: além d’estes estão situados os taguaús, e os ultimos, que são os que comunicame commerciam com as amazonas, são os guacarás. Têm estas mulheres varonis o seu estabelecimento principal entre as grandes montanhas e eminentes serros, dos quaes o que mais se distingue entre os outros, e que é mais combatido dos ventos, mostrando-se consequentemente sempre escalvado e sem herva, se chama Yacamiaba. São mulheres de grande valor, e que sempre se têm conservado sem o ordinario commercio de varões, e, ainda mesmo quando estes por convenção feita com ellas, vem anualmente às suas terras, são recebidos com as armas nas mãos, e, depois de atirarem por algum tempo com as flechas, e convencidas de que vem de paz os conhecidos, deixando as armas correm apressadamente ás canôas e embarcações dos hospedes, e levando cada uma as macas ou redes, que mais acham á mão, as levam ás suas casas, e armando-as em partes, onde os donos facilmente as conheçam, os recebem por hospedes durante aquelles poucos dias; findos os quaes elles regressam para as suas terras, continuando annualmente a mesma viagem e pelo mesmo tempo. Conservam as filhas, que nascem d’estes ajuntamentos, e as criam entre si com desvelo, por serem as que hão de levar ávante o valor e costumes da sua nação, porém a respeito do que praticam com os filhos varões não ha a mesma certeza: um indio que, sendo ainda pequeno havia ido com seu pai a estas entradas, affirmou que os entregam a seus pais, quando no seguinte anno vão ás suas terras; mas o mais certo, por ser o que mais vulgarmente se diz, é que logo que os reconhecem por varões os matam. O tempo descobrirá a verdade; e, se estas são as amazonas famigeradas entre os historiadores, grandes thesouros encerram na sua provincia para enriquecer a todo o mundo. Está a boca do rio, que povoam as amazonas, em sois gráos e meio de latitude".

Em 1735, o francês Charles-Marie La Condamine, com a autorização do governo português, desceu o rio Amazonas de suas nascentes até a foz, partindo do Peru, com objetivo de explorar a zona equatorial do planeta para mensurações. La Condamine era um cientista e sua viagem foi motivada pela vontade de conhecer. A profundidade e localização dos rios são minuciosamente medidos, as estrelas são cuidadosamente observadas e as espécies de animais e plantas encontradas são todas catalogadas. O relato de La Condamine não deixa dúvidas de que é um homem guiado pelos princípios da ciência, onde não há espaço para a "invenção".

Mesmo assim, ainda faz referência à história das amazonas e afirma ter perguntado, em todos os locais por onde passou, se os índios tinham conhecimento das mulheres guerreiras descritas por Orellana e Acuña. Todos aqueles que interrogou afirmaram que seus pais haviam lhes contado que havia ali "uma república de mulheres solitárias, que se retiraram para as bandas do Norte, no interior das terras, pelo rio Negro, ou por outro que pelo mesmo lado vem ter ao Maranhão".

"Um índio de são Joaquim d’Omáguas nos dissera que acharíamos talvez ainda em Coari um velho cujos pais avistaram as Amazonas. Soubemos aí que o índio que nos fôra indicado havia morrido; mas falámos ao filho que parecia ter 70 anos, e que chefiava os outros índios da mesma aldeia. Êle nos afirmou que seu avô vira com efeito discorrer tais mulheres pela entrada do rio Cuchivara, provindo do rio Caiame, que desemboca no Amazonas pelo lado Sul, entre o Tefé e o Coari; que êle chegou a falar com quatro dentre elas; e que uma trazia uma criança ao peito. Êle nos disse o nome de cada uma, e ajuntou que partindo do Cuchivara, elas atravessaram o grande Rio, e tomaram o rumo do Rio Negro".

No ano de 1787, Manoel da Gama Lobo de Almada comandou a "Comissão Portuguesa de Delimitação de Fronteiras", que subiu o Rio Branco, explorando seus afluentes. Seu principal objetivo era fixar os limites precisos da região. Cada palmo do território foi minuciosamente descrito por ele, que relata:

"As serras occidentaes são cobertas de matos frondosos, e de grossas arvores, que indicam bem a fertilidade do terreno; com quantidade de fructos silvestres mui saborosos, e caça bastante: as chuvas foram copiosas, e continuadas emquanto por lá andei; e me informaram os tapuyas nacionaes, que as aguas são ali frequentes. As serras orientaes ao contrario, são escalvadas, faltas de mato, com grandissimos penedos, e pedrarias innumeraveis. Se ellas contém, como se diz, algum mineral rico, eu o não affirmo mas o que sei é que ellas tem uma especie de crystaes, que se lhe acham superficialmente logo que se lhe cava a primeira crosta de terra: o caracter constante destes crystaes, é serem da figura de um prisma hexagonal acabando todos pyramidalmente...".

Prossegue descrevendo os rios que encontra pelo caminho, mas a existência do Lago Parime, descrito na literatura de viagem como o lugar onde se localizaria o El Dorado, é descartada por Lobo de Almada que, ao descrever o Surumú, faz questão de ressaltar que seus guias e "os tapuyas gentios nacionais" que habitam essa serra desconhecem a existência de qualquer lago na região.

"Laguna Parime, y cerro Dorado - são cousas, que só existem na imaginação; se não é que os hespanhóes tomam por cerro Dorado as serras de crystaes de que fallo no artigo da cordilheira; pois emquanto á laguna Parime, é fabuloso, que haja semelhante lagôa no rio Branco; ainda que a carta de M. D’Anville, e depois dele as dos mais que tem copiado, assignam a lagòa Parime sendo commum ás vertentes do rio Branco, e ás do rio Orinoco. Que haja semelhante lagôa, que dê algumas vertentes para o Orinoco, não me metto á contradizer; mas que dê aguas para o rio Branco, isto é o que ninguem poderá demonstrar, nem mesmo fazer crer senão as pessoas que não tenham andado nas aguas vertentes do rio Branco, e que não tiverem subido a cordilheira de serranias que existe entre o Orinoco, e o rio Branco. Os geographos que dão nas suas cartas a lagoa Parime commum as aguas vertentes destes dous rios, configuraram nesta parte por informações pouco exatas".

Em junho de 1799 o alemão Alexander von Humboldt juntamente com o francês Aimé Bonpland iniciam uma expedição por colônias espanholas na América do Sul e Central. Depois de explorar a costa da Venezuela, eles viajam pelas bacias dos rios Orinoco e Amazonas. Também exploraram os Andes e partes do Peru, Equador, Colômbia, México e Cuba. Durante cinco anos de expedição, Humboldt e Aimé coletaram diversas informações sobre os lugares que visitavam. Colecionaram milhares de espécies de rochas, animais e plantas. Estudaram vulcões, correntes oceânicas, vida animal, clima e o magnetismo da Terra. Além disso percorreram e descreveram minuciosamente o famoso canal de Cassiquiare que liga a bacia do rio Orinoco com a do Rio Negro. No livro "Voyage aux régions équinoxiales du Nouveau Continent", não se apresenta apenas o resultado científico, mas também informações a respeito dos riscos e perigos durante a viagem.

Após Humboldt a Amazônia foi visitada por uma sucessão de expedições científicas entre as quais as de Alfred Russel Wallace e a de Louis Agassiz. No entanto não há qualquer menção a Manoa, lago Parime, índias guerreiras ou mesmo El Dorado em nenhuma delas.